（一）關于視為認可竣工結算文件

    《司法解釋》第二十條規定，當事人約定，發包人收到竣工結算文件后，在約定期限內不予答復，視為認可竣工結算文件的，按照約定處理。承包人請求按照竣工結算文件結算工程價款的，應予支持。
    《最高人民法院關于發包人收到承包人竣工結算文件后，是否視為認可竣工結算文件的復函》明確，適用《司法解釋》第二十條的前提條件是當事人之間約定了發包人收到竣工結算文件后，在約定期限內不予答復，則視為認可竣工結算文件。承包人提交的竣工結算文件可以作為工程款結算的依據。
   

 （二）關于固定總價工程款調整

    目前司法實踐的基本做法是：1、固定總價一般不予打開；2、工程量增減的，依約定。沒有約定或約定不明的，可參照合同約定標準對增減部分單獨結算。無法參照約定標準結算的，可以參照行政主管部門發布的計價標準結算；3、簽訂固定總價合同后，工程發生重大變化或固定總價所依據的設計圖紙發生重大變更的，按照雙方確定的工程量清單單價據實計價。
    

（三）關于認定工程依據

    技術核定單一般需經設計方、建設方、監理方等確認簽字。實踐中發現施工人憑借技術核定單主張工程量發生了變更，進而主張相關權利。技術核定單原則上不可以作為工程量增減的依據，而應充分結合技術核定單、簽證單、會商紀要等施工資料進行工程量認定。
    

（四）建設工程施工合同無效但驗收合格，“參照合同約定結算”還是“據實結算”

    《司法解釋》第二條：建設工程施工合同無效，但工程竣工驗收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應予支持。“參照合同約定支付工程款”是按照雙方的合同約定來進行結算，并非賦予承包人選擇參照合同約定或者工程定額標準進行結算的權利。要嚴格按照雙方的合同約定，雖然合同無效，但是約定條款對結算的條款仍要嚴格適用（并非有效）。
    

（五）合同無效情況下哪方可請求參照合同價款結算

    根據公平原則，發包人應當有權請求參照合同約定支付工程價款。如果發包人無權，那么承包人提出按定額計價，則會使承包人獲得更多的非法利益。
    

（六）關于無效施工合同中的管理費

    關于管理費，實踐中也存在爭議：
    有觀點認為，管理費為違法分包產生的收益，依法收繳。
    有觀點認為，雙方之間管理費約定有效。
    有觀點認為，調整管理費，為因違法轉分包產生非法的漁利費用，不宜將管理費認定為工程結算的工程款性質。如管理方有一定的付出，則對管理費酌定調整。
    目前上海地區司法實踐支持管理費，有時會調整，但收繳的不多。
  

  （七）合同無效后，其他條款效力的問題

    合同無效后，其他的約定都不能適用的，但很多條款有參考價值。
   

 （八）無效合同的利息問題

    如果利息約定可以適用合同無效，則會產生當事人通過約定利息的方式來約定違約金的情況。所以，合同無效時，不適用利息約定。